NGS實驗室設計之分區設計
由于NGS技術容易出現實驗室污染,導致檢測結果不準確。因此設計一個嚴格有序、規范的NGS實驗室是非常必要的,且各分區要設計分明,功能對應。
1. 試劑準備區
本區域為潔凈區域,用于試劑的配制、分裝及少量儲藏等,需存放于此區域的試劑不可逆行由后續處理樣本的區域進入。另外,試劑盒中的陽性質控品和對照品不應貯存于此區域。
2. 樣本準備區
本區域為半污染區,用于核酸的提取及濃度測定。在提取不同類型的樣本(新鮮組織、FFPE、血液等)核酸時應避免樣本之間的交叉污染,建議在區域內設置不同樣本的獨立的超凈工作臺。布局時應注意高速離心機運行時產生的振動是否干擾其它設備等細節。
3. 文庫制備區
本區域為半污染區,用于文庫的構建。NGS檢測時常見的文庫制備方法有雜交捕獲法和擴增子法,兩種方法均包含通過PCR放大文庫產量的步驟,因此在文庫制備區構建文庫時,建議文庫擴增產物傳遞至下一階段區域(雜交捕獲區)進行純化及后續操作。另外,組織樣本進行捕獲法建庫時需要先對樣本做片段化處理,因此操作臺面規劃時應區分片段化區域和建庫區域。
4. 雜交捕獲區
本區域為半污染區,用于文庫擴增后的純化,以及后續的二次擴增或捕獲富集等步驟。嚴防此區域擴增產物及氣溶膠等對其它區域的污染,盡量減少人員在該區域與其它區域之間反復頻繁流動,同時該區域的實驗物品、實驗服等盡量避免外帶。
5. 文庫擴增區
本區域為半污染區,對雜交捕獲產物進行PCR擴增富集,同時對上機測序前的文庫進行質控,并且完成文庫上機前文庫*終的稀釋和混樣。
6. 測序分析區
本區域為半污染區,用于文庫的上機測序。此區域應配備穩定的供電設施及備用電源,并配備獨立的制冷設施保證測序儀在相對恒定的溫濕度環境下工作;還需開設適宜面積的機房用于放置服務器等,所配備的網關設備應兼具穩定性和安全性,確保數據有效、安全傳輸。
7. 電泳區
本區域為半污染區,用于核酸樣本質量和文庫片段的分析。
總之,一個規范的NGS檢測實驗室是獲得準確檢測結果的重要保障,在實驗室運行過程中要始終堅持“工作有序、互不干擾、防止污染、報告及時”的基本準則。
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